Γεννημένος στις 19 Ιουλίου 1918 στην Αντίς Αμπέμπα της Αιθιοπίας, όπου αντιστάθηκε πολεμώντας τα ιταλικά στρατεύματα του Μουσολίνι, ο Παπατάκης αναγκάστηκε να εξοριστεί, βρίσκοντας καταφύγιο αρχικά στον Λίβανο και εν συνεχεία στην Ελλάδα. Κατόπιν εγκαταστάθηκε μόνιμα στο Παρίσι το 1939.
Στη γαλλική πρωτεύουσα, ο αεικίνητος Παπατάκης συναναστράφηκε όλη την αφρόκρεμα της γαλλικής διανόησης, από τον Ζαν Πολ Σαρτρ ίσαμε τον «καταραμένο» Ζαν Ζενέ, και τους ποιητές Αντρέ Μπρετόν, Ζακ Πρεβέρ και Ρομπέρ Ντενό.
Το 1947 δημιούργησε το καμπαρέ «Το Κόκκινο Ρόδο» (La Rose Rouge), που απετέλεσε το δημιουργικό εφαλτήριο για πλείστους καλλιτέχνες, και ύστερα νυμφεύθηκε την ηθοποιό Ανούκ Αιμέ, με την οποία απέκτησε μία κόρη, τη Μανουέλα. Το 1950 υπήρξε παραγωγός και χρηματοδότης της ταινίας του Ζαν Ζενέ «Ένα ερωτικό τραγούδι», του οποίου τη φωτογραφία υπέγραφε ο Ζαν Κοκτό, αλλά τούτο το μοναδικό αριστούργημα του «άγιου» (όπως τον απεκάλεσε ο Σαρτρ) συγγραφέα-εγκληματία λογοκρίθηκε και δεν προβλήθηκε στις κινηματογραφικές αίθουσες παρά μόνον το 1975.
Το 1957 εγκατέλειψε το Παρίσι για τη Νέα Υόρκη, όπου συνήψε δεσμό με το μανεκέν από τη Γερμανία Κρίστα Πέφγκεν, η οποία υιοθέτησε το μικρό του όνομα και ως Νίκο δημιούργησε μία αξιόλογη σταδιοδρομία στη μουσική σκηνή, όπου έγινε ιδιαίτερα γνωστή ως Ηγερία του Άντι Γουόρχολ και των Βέλβετ Άντεργκράουντ του Λου Ριντ.
Κατά την επιστροφή του στο Παρίσι, γύρισε το 1962 την πρώτη του ταινία «Οι Άβυσσοι» (Les Abysses), βασισμένη στο μυθιστόρημα του Ζενέ «Οι Δούλες» (Les Bonnes), που με τη σειρά του είχε αντλήσει την έμπνευσή του από την αληθινή, μακάβρια, ιστορία των αδελφών Παπέν. Η ταινία προβλήθηκε την ίδια χρονιά στο Φεστιβάλ των Καννών και είχε προκαλέσει σκάνδαλο.
Το 1967 γύρισε την ταινία «Οι βοσκοί», όπου πραγματεύεται και καταγγέλλει τη δικτατορία των συνταγματαρχών στην Ελλάδα: η ταινία που προβλήθηκε το 1968 αποτέλεσε ωστόσο μία εμπορική αποτυχία. Ο Παπατάκης, που τότε ήταν παντρεμένος με την Όλγα Καρλάτου, στράφηκε ενεργότερα στην πολιτική και δόθηκε ολόψυχα στον αντιδικτατορικό αγώνα.
Το 1975, η ταινία του «Gloria Mundi», που έθιγε την πραγματικότητα των βασανιστηρίων στην Αλγερία, κατέβηκε από τις αίθουσες έπειτα από βομβιστική επίθεση στον κινηματογράφο Μαρμπέφ. Με τους «Ισορροπιστές» το 1991 υπέγραψε ένα αιχμηρό πορτρέτο του Ζενέ, τον οποίο υποδύθηκε αξεπέραστα ο Μισέλ Πικολί, που προκάλεσε τη μήνιν πολλών θαυμαστών του.
Στη «Φωτογραφία», μία από τις λυρικότερες ελληνικές ταινίες, εξερευνά το θέμα της νοσταλγίας του ξενιτεμένου και την αποξένωση της μετανάστευσης και θίγει πολλά σημεία της τραγικής ιστορίας της Νεότερης Ελλάδας.
«Ο Παπατάκης ήταν ένας οικουμενικός άνθρωπος. Πάντοτε έριχνε γέφυρες ανάμεσα στην Αφρική και την Ευρώπη, την Ελλάδα και τη Γαλλία, ανάμεσα στη Γαλλία και τις ΗΠΑ. Άνδρας θαρραλέος υπήρξε ένας λεπτός και συνάμα τολμηρός δημιουργός» τόνισε ο πρώην υπουργός Πολιτισμού της Γαλλίας, Τζακ Λανγκ.
